El Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) advirtió que la construcción del Tren Maya causaría daños a 10 Áreas Naturales Protegidas (ANP), a sus servicios ambientales, como la recarga de los acuíferos, y a su capacidad para capturar carbono.

A fines de septiembre de 2019, el Conacyt invitó a más de 30 investigadores para conformar un grupo de estudio, el cual concluyó que la obra también podría implicar la destrucción irrecuperable de mil 288 sitios arqueológicos.

De la misma forma, consideraron que el tren abonaría en los cinco estados involucrados al incremento de la trata de personas y al tráfico drogas, según información publicada por El Universal.

Luego de que se lanzó la convocatoria de la consulta sobre el Tren Maya, el 15 de noviembre de 2019, el Conacyt urgió a los investigadores para que entregaran el análisis, en el entendido de que la información se difundiría antes del proceso.

De acuerdo con fuentes cercanas a su elaboración, un primer documento titulado Territorios mayas en el paso del tren: situación actual y riesgos previsibles, fue enviado entre el 10 y el 12 de diciembre, pero en lugar de ser distribuido entre secretarías y público en general, fue detenido.